由于分解藥物的效率，臭氧是去除藥物殘留物的理想方法。飲用水中的藥物化合物含量可以是十億分之一（PPB）。研究表明，水中的藥物可能是造成動物和人類遺傳功能失常的原因。臭氧已被證明是一種安全且具有成本效益的制藥行業消毒方法。